統合データベース探索のフレームワーク「TogoDX」を利用した「TogoDX/Human」の新規Attribute追加およびデータ更新をしました
2022. 11. 11 /
TogoDX/humanは、データの統合的な利活用を行うための新しいアプリケーションのヒトデータ版として公開しています。
このたび、新たに14種類の属性(Attribute)を追加しました。それに伴い、探索の起点となるID(target dataset)として “Ensembl transcript” が選択可能になりました。
また、既存のAttributeのもとになるデータソースのうち10種類についてデータ更新を行いました。
詳細については、以下をご覧ください。
TogoDX/Human の新規Attribute追加およびデータ更新の概要 (v2022-11)
- 新規Attribute
- Gene
- Ortholog existence
- Biological process
- Cellular component
- Molecular function
- Transcript biotype
- Transcript length
- Protein
- UniProtKB sections
- Isoform specific GO existence
- Catalytic activity
- Isoform specific interaction existence
- Pathway annotation
- Structure
- # of turn structures
- # of disulfide bonds
- Rate of disorder regions
- Gene
- 新規target dataset
- Ensembl transcript
- データ更新
- Ensembl (human release 107)
- UniProt (release 2022_03)
- PDB (2022-09-28 updated)
- Reactome (76)
- ChEMBL (CHEMBL31)
- ChEBI (Release 213)
- Mondo Disease Ontology (v2022-08-01)
- MeSH (2022-09-20 updated)
- GWAS Catalog All associations (2022-09-20 updated)
- ClinVar (2022-09-01 updated)
研究者の皆さま、特にバイオインフォマティクスに関わる方々のご利用と、今後の改善に向けたご意見をお待ちしています。